Gene
Gene Model ID | aug_v2a.22679 |
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Locus | scaf15785 : 1 ... 4325 : - |
To GenomeBrowser | scaf15785:1..4325 |
Genes list of scaffold | scaf15785 |
Manual annotation
Study field | Retrovirus |
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Gene name | Adi-Retrovirus-related 2-2 |
Description | DNA sequence of this gene model showed similarity with that of Adi-Retrovirus-related 2-1. This gene model has RVP, Asp_protease, dUTPase and rve domains. |
mRNA evidence |
Blast Hit to nr / sp
query | Subject ID | Subject Name | evalue |
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aug_v2a.22679.t1 | gi|339234118|ref|XP_003382176.1| | putative integrase core domain protein [Trichinella spiralis] | 0.0 |
aug_v2a.22679.t1 | gi|470413346|ref|XP_004336571.1| | GapPol polyprotein [Acanthamoeba castellanii str. Neff] | 0.0 |
Transcript
Transcript ID | aug_v2a.22679.t1 |
---|---|
Definition | - |
>aug_v2a.22679.t1 acacgatccagggaaacgggctggcgcccctgtctcgctaagggatagccccgtcacggtgatgggggcgcgtcgtcaaa ctttagcacacaagcaacgaatgccaaccagtcaagatggtacggataaatatgccttctgtgcaccgtatgatggtcct tttgttgacaataaacaaagtcactgtcgtccagtgatccgtttaagttcccagtccgaaaatataactcatgtgagtcg cgcagaatttgcacgtgatgtttctaattcaaataatttgtgtgatcatgtcaaccaagtagagaatgctttgactaaga tgatagagtcattagctggggtcatagcaaaattcgagaatttagttaatggtatgtcatgcagtaattaccctaaaagt gagcaaaatagcacagatttgccacatgtttttgtttcgtcttctcaaagtgaagataatgtcgaaaacctctctagtaa agactttcctcaaaatgttgatgagcgtgttgatccaattaaccccgttgtttgcaaggacgaagtgcatttggttaatc aaaacagtcctgttcaaaacagtgtatgttacaatcaaggaaaggaaattgattcaagtgttgttttgcataaagtagtt gaagttgatcctcaagtgtttgaagtcgccaatgtcgaagaaagcgatgtggtttttcaggatgcacaaatggacgtgtg tgatgttttggaccacgatgatgtcaagattactgaatttgtagttaatgattccgaagttgctggtttgcatttgacca aaaatgttacccgcgaagtctcgcctattggtgccaatgaagaaaccaatcatggcgatattgtgtcaagtgagcagaca cagttcttagacgaaattcattctccattccatacaaaagattccacgatttccgttaatatcgcacatatgaatttccg agcgttgatagatacaggtgctgccgttactgcagtaagtgctcgcgtttggcaaaggtgctcaagtaacataaggctta atttaggaccaccgaatcacgattccataacaacagtagatgggtgtttgcttaaggtaataggtagagtgatgttgccg tttgtaatcgattctaagatttttccttttgaggctcatgtgattcaagatttgacttccgatgtgatcttaggaaggga ctttttcgaaaaattttgtgccaaaattgattttgatgagggtatgatacgatttagacatggggaagacccattgcctt ttaattccgatccggttattatcgataatgattgttgtcctgaatttgtttgttctgtgcatgctgacacagcctttacc attccaccacagtcagaaatcatagtgctaggcagattgaatgcagaattgcccttgaagaaaactgtctgcggtttagt agtgccacgaagcgatttgcctcaccgttacttaatttttggagcgtcagagcttgtcaaggtcaccgagggtggcactc ttccagttagaatggttaacccgtccgctcgtccagttaaaatatttcgcaaaacaagactgggtgattttgaaagcgta taggatagaattgaaacattccagctcagcgagtcaccagaggaattctcttattcttttaagactagggagaaagccga ttattctgggttccccgacttatccgacagcgttctcagtgaagctgacaaaattaaattcggtgacttattccagtcct accgtgatctttttgcttttactgatgacgaacttggtaaaacctctctcgtccagcacgtaatagacacaggtgatgca ctgcctattaagcaacggccgtatcgaaccagtcttaagtgtaaacaagagattgatcgccaagtagaggatatgctcca aaagggaatataattagagaatccgtttctccatggagtttacccgtagttctcctcaagaaaaaggatggtagtgttcg tttttgtgtcgatttaaggaaagtaaatgcggttacgaggaaatatagttttcctatgcctttagtgtctgatactcttg attctttgagtggaactaagtatttttctacgcttgacttaaaatcgggttattggcaaattgaaatgcatccagagtct cgagaaaaaacagctttcgttacacacaacggtctttacgaatttaatgtcatgccatttggtcttaccaattccggcgc tagctttcagcgtcttatgggccatatacttctaggattggagtacagatttgctttgatttacatcgacgatattgtca tcttttctaagtcaattgatgaacatttgacccatttggaggaagttttcagaagattgtgtgaggcttacgtgaaattg aacccaaagatatgcagctttgtcaaacaacgaattgagtatttgggtcatgttgtgactccagaaggtatcttccctga ccctggcaaagtagaagtcgttaagaattttccaacaccagcgagtctaaaagaatgaaagagttttcttggtttagcta attataaccggcgattcatcaaaggtttctcagaaattgctagtccccttaatgcattaacaaagaagggcgttaagttt tgttggtctgagtcatgtgctgttgcattcgatcgattgaagcgtgctttgatttcagctcctgttttggcgttttccaa ttttgacgagcaatttttactttacgtcgatgctagttccaccggtatagggttcgctctcgcacagattcagaatggta agaaagtagtaatcacttataatggaagaggccttaaccaggcagagcgtaattacacaacaacagagagagaagcactc gctttagtcgagggtatcaagaaattccagccgtatttacacgatcgcaaattcgtagtgtatacagatcatagttctct tagttggcttatgaatgttaaagatgctactggtcgattagcgagatgggctttgttgcttcagcagtacaatttcgata tcattcaccgtcgaggttgccaaaatggtaacgctgatgctttatcaaggcgcccctatccaaccaccaacttaaacgcc ttacagcggagtgatcctgagactgataagaaccgtgaaaaacagcgcaaagatccagagttaagtgaaataatggatta tatccagaatgacgttttgcccagcaacgatgcgaaagccagaagaattttgttaagaagcgatagtttttacatcaatc aggacggtttattgtgtcatctcgatcgtagccaaagacgtgctcgtgatagtttttttcaacttgtcgttcctcagtcg atgaagtacgaaattttgtctaatgtacataatcatgtcgctggtgcccattttggagtgcacaaaactttccaaaagtt aaaacaacggtattggtggcccggcatgtttaaagatgtagagcactggtgtaagtcgtgtgttgattgtgcattgaaaa agtcaccaaggaacaccaaaagagccccacttttaccattgcctgtcgaaggtgcttttgacagaatcgctgttgatgct ttaggtccgttcaagccgtccaacagacagaatcgatacatcgcagtttttagtgattacttaacacgttggtgtgaagc atttcctgttcctagtgctgaagccaatgtgattgcacgtttgctagtcgatgaaactatcgcaaggcatggtgctccaa gagctttcctttcagatagaggaaccaactttctctctaagcttgtagcggaggtgtgcaaaatttttcaaattcagaaa gtgaacacatctagttatcacccgcaaacagacggacttgttgaaagattcaattcaaccctttgtcaatcactttctat gtacgtagccaagaatcagaaagattgggacgatttcatcccactaattttatttgcgcatcgaacttcgatttcagaag ctataggcgaatctccattctactgtctctatggtcgtgagccacgccttcctgttgatgttaaatttctgccaccagct gcggacgacctctcaacttcacttttagatcatcgaaagcgtattgtcgaaaaagtagaattggctcagaatcttgctcg tgaaaatatacagcgttcacagcagaaaatgaaagaatactacgttcgtaatgcgagtcaaccacttttcgaagtcggac aacgtgtttgggtttacacaccaaaaacgaagaagggcctatcaaagaaactcctatataattggtttggtccgtataga atcgt |
Protein
Protein ID | aug_v2a.22679.t1 |
---|---|
Definition | - |
>aug_v2a.22679.t1 MGARRQTLAHKQRMPTSQDGTDKYAFCAPYDGPFVDNKQSHCRPVIRLSSQSENITHVSRAEFARDVSNSNNLCDHVNQV ENALTKMIESLAGVIAKFENLVNGMSCSNYPKSEQNSTDLPHVFVSSSQSEDNVENLSSKDFPQNVDERVDPINPVVCKD EVHLVNQNSPVQNSVCYNQGKEIDSSVVLHKVVEVDPQVFEVANVEESDVVFQDAQMDVCDVLDHDDVKITEFVVNDSEV AGLHLTKNVTREVSPIGANEETNHGDIVSSEQTQFLDEIHSPFHTKDSTISVNIAHMNFRALIDTGAAVTAVSARVWQRC SSNIRLNLGPPNHDSITTVDGCLLKVIGRVMLPFVIDSKIFPFEAHVIQDLTSDVILGRDFFEKFCAKIDFDEGMIRFRH GEDPLPFNSDPVIIDNDCCPEFVCSVHADTAFTIPPQSEIIVLGRLNAELPLKKTVCGLVVPRSDLPHRYLIFGASELVK VTEGGTLPVRMVNPSARPVKIFRKTRLAPVLAFSNFDEQFLLYVDASSTGIGFALAQIQNGKKVVITYNGRGLNQAERNY TTTEREALALVEGIKKFQPYLHDRKFVVYTDHSSLSWLMNVKDATGRLARWALLLQQYNFDIIHRRGCQNGNADALSRRP YPTTNLNALQRSDPETDKNREKQRKDPELSEIMDYIQNDVLPSNDAKARRILLRSDSFYINQDGLLCHLDRSQRRARDSF FQLVVPQSMKYEILSNVHNHVAGAHFGVHKTFQKLKQRYWWPGMFKDVEHWCKSCVDCALKKSPRNTKRAPLLPLPVEGA FDRIAVDALGPFKPSNRQNRYIAVFSDYLTRWCEAFPVPSAEANVIARLLVDETIARHGAPRAFLSDRGTNFLSKLVAEV CKIFQIQKVNTSSYHPQTDGLVERFNSTLCQSLSMYVAKNQKDWDDFIPLILFAHRTSISEAIGESPFYCLYGREPRLPV DVKFLPPAADDLSTSLLDHRKRIVEKVELAQNLARENIQRSQQKMKEYYVRNASQPLFEVGQRVWVYTPKTKKGLSKKLL YNWFGPYRI |